MALDI质谱分析作为一种对生物组织切片的目标生物分子直接分析方法近年来已受到关注（诸如小分子代谢物、脂质、肽、蛋白）。它被期望应用于搜索位于疾病部位的生物标记物。一般来说，将冰冻切片作为待分析的组织切片。通过MALDI方法，前处理装置（比如CHIP-1000）可以统一地将基质溶液打印在组织切片上。在添加过基质以后，MALDI-TOF质谱分析组织切片并检测目标生物分子的m/z。在疾病的生物标志物研究中，对比损伤部位和正常部位的质谱峰变化来搜寻特征质谱峰作为生物标志物。
这里有一个例子，用MALDI-TOF直接检测用药后肝组织切片的磷脂变化，肝组织切片来自用过四氯化碳导致肝受损的小鼠。
对5周大的ICR小鼠腹腔注射给药四氯化碳(1.0 mL/kg)。 分别在15分钟和48小时后解剖，并将肝组织用苏木素伊红染色。（在给药48小时后的肝组织中央静脉附近确认有坏死及细胞浸润）
相应的冰冻切片通过前处理装置用CHCA基质处理，然后用MALDI-TOF直接分析。
CV: 中央静脉; PV: 门静脉; 黄圈: 细胞浸润
MALDI-TOF对冰冻组织切片直接分析结果
四氯化碳给药48销售后MALDI-TOF直接对冰冻组织切片分析获得的质谱峰代表性地揭示了谱峰变化。
MS和MS/MS分析鉴定这些峰是质子化的卵磷脂（PC）PC 32:0，PC 34:2，PC 34:1和加钾分子。
这些波动的相关对比显示了3种磷脂成分的生物统计性变化，在给药四氯化碳以后。一般来说，四氯化碳给药引起的肝受损小鼠模型已知用于研究急性肝细胞坏死到肝细胞分裂并再生。
这种直接的质谱分析实现了从组织切片里直接检测到肝再生的磷脂变化特征。
质谱成像系统
CHIP-1000化学打印机能够统一打印极微量水平的酶和基质试剂。它是必不可少的质谱成像技术前处理工具。岛津公司发明的独特的前处理方法可分析福尔马林处理过的石蜡包埋组织切片。化学打印机和MALDI-TOF质谱联用来分析体内代谢物变化和搜寻疾病生物标志物是非常有效的。