转基因食品的标准检查、分析方法在日本厚生劳动省的「转基因技术应用食品的检查方法」1)以及进口食品监督相关通知2)～5)，农林水产消费安全技术中心的JAS分析试验手册「转基因食品检查·分析手册」6)中有所记述。在此将作为检查对象的转基因食品和检查方法表示在表1中。与在安全性审查中被认可的转基因食品一起，未认可的转基因食品也成为检查对象。
截止2010年7月，木瓜(55-1)，玉米(CBH351)，玉米(Bt10)，玉米(DAS59132),米(LLRICE601)，米(Bt)，油菜籽(RT73 B.rapa)在安全性审查中未认可。检查可分为以确认有无转基因体为目的的定性检查和确定非转基因体中转基因体所含比例(混入率)的定量检查。定性检查采用免疫层析法,定性PCR法，GUS试验法；定量检查采用定量PCR法，ELISA法。
表1 转基因食品的检查方法
| 食品 | 转基因 | 检查分类 | 检查方法 | 记述资料 |
| 木瓜（生食用,加工品） | 木瓜（55-1） | 定性检查 | 定性PCR法，GUS试验法 | 1) |
| 玉米（颗粒） | 玉米（CBH351） | 免疫层析法 | ||
| 玉米（半成品） | 免疫层析法，定性PCR法 | |||
| 玉米（加工品） | 定性PCR法 | |||
| 玉米（颗粒） | 玉米（Bt10） | |||
| 玉米（半成品） | ||||
| 玉米（颗粒） | 玉米（DAS59132） | |||
| 玉米 | 玉米（GA21） | 定量检查或 定性检查/定量检查 |
定量PCR 定性PCR法/定量PCR法 |
1) 6) |
| 玉米（Event176） | ||||
| 玉米（Bt11） | ||||
| 玉米（T25） | ||||
| 玉米（Mon810） | ||||
| 大豆 | 大豆（Roundup Ready Soybean） | 定量检查或 定性检查/定量检查 |
定量PCR 定性PCR法/定量PCR法 |
1) 6) |
| 大豆 | CP4EPSPS 蛋白质 | 定量检查 | ELISA法 | 1) |
| 米 | 米（LLRICE601） | 定性检查 | 定性PCR法 | 3) |
| 米 | 米（Bt） | 4) | ||
| 油菜籽 | 油菜籽（RT73 B.rapa） | 5) | ||
| 马铃薯 | 马铃薯（NewLeaf） | 6) | ||
| 马铃薯（NewLeafPlus） |
［参考资料］
1) http://www.mhlw.go.jp/topics/idenshi/kensa/kensa.html
2) http://www.mhlw.go.jp/topics/yunyu/kanshi/index.html
3) 食安监发0915002号，2006年9月15日
4) 食安监发0220002号，2007年2月20日
5) 食安监发0914第5号，2009年9月14日
6) http://www.famic.go.jp/technical_information/jashandbook/index.html
表2表示各分析法的概要。ELISA法、免疫层析法是基于抗原抗体反应进行检测，因此，由于加热等原因，蛋白质发生变性，无法应用在失去抗原性的加工食品的检查。DNA与蛋白质相比，稳定性好，较难因加热等发生分解、变性。
目标基因通过PCR进行扩增的可能性较大，定性PCR法可以应用在农作物以及许多加工食品的检查。但基于定量PCR法的转基因混入率检查不适于加工食品。
表2 用于转基因食品检查的分析法
| 分析法 | 概要 | |
| ELISA（Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay）法 |
利用抗原抗体反应的高特异性与酶反应的高灵敏度性，定量分析或定性分析（检测）样品中抗原、抗体的方法。 | |
| 免疫层析 （Lateral Flow）法 |
免疫层析法（Immunochromato Graphy）之一。与ELISA法一样，利用抗原抗体反应。 将样品滴在试纸上，利用毛细管现象使其在试纸上移动，根据测试线与控制线上的发色模式，判断在样品中有无抗原。滴下的样品通过色素标记化抗原特异抗体的浸渍部分，生成在样品中存在的抗原-色素标记化抗体复合体。在测试线区域固定化抗原特异抗体，捕捉抗原-色素标记化抗体复合体。如果在样品中含有抗原，则在测试线和控制线双方上发生色素吸附并发色。如果样品中不含抗原，则只有控制线发色。 |
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| GUS试验法 | 因为作为转基因指标，β-glucuronidase（GUS）基因有时与外来基因一起被导入。在这样的转基因体中同时发现GUS基因，根据GUS活性的有无，可以进行转基因体的判断。在GUS试验法中，加入含作为基质的5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-glucuronide(X-Gluc)的反应液，确认是否基于GUS活性呈现蓝色。 | |
| 定性PCR法 | PCR（Polymerase Chain Reaction）是将样品DNA作为模板，只选择性扩增DNA的特定基因区域的方法。使用与欲扩增区域的两端有序列特异的短单链DNA（引物）和DNA合成酶（DNA聚合酶），通过反复进行循环反应（DNA双链的解离→引物的结合→DNA合成反应），可以只扩增特定基因区域。原理上，每一次循环反应，特定基因区域扩增为2倍。在定性PCR法中，使用用于将从样品中提取的DNA作为模板进行目标基因区域特异性扩增的引物实施PCR，并进行获得的扩增产物（PCR产物）的电泳分析。如果提取的DNA含在目标基因区域，则检测出对应目标基因区域的PCR产物。 | |
| 定量PCR法 | 在定量PCR法中，将从样品提取的DNA作为模板进行PCR，同时特异性检测作为扩增对象的PCR产物，因此，加入与双链结合的荧光化合物（嵌入剂）或识别部分扩增区域的荧光标记探针等，在每一循环监测扩增过程。通过解析获得的扩增曲线，可以求出目标基因的量（复制数）。 | |
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