随着基因组分析技术的发展，基因组数据库变得更加全面，作为利用这个数据库进行后基因组分析形式之一的蛋白质组分析也得到了长足发展。随着质谱技术的发展，我们能够通过质谱仪及其数据库实现蛋白质氨基酸测序的高通量分析。虽然在基因组数据库中许多蛋白质被注释为前体蛋白，但在细胞中表达的各种蛋白质是由这些前体蛋白加工为成熟蛋白并运输到体内的。因此，当使用质谱仪及数据库对成熟蛋白的氨基酸序列进行鉴定时，质量数可能与理论值不同，从而导致搜索结果的得分较低。而且，对于一些基因组数据库尚未完成的物种而言，使用质谱鉴定氨基酸序列可能比较棘手，所得序列结果也欠缺可信度。另一方面，利用传统的Edman降解法进行蛋白质测序，虽然耗费一定的时间，但所得氨基酸序列结果非常可靠，对于尚未建立数据库的样品的氨基酸序列分析非常有效。本文介绍了利用微量IgG蛋白（来自小鼠血清）进行氨基酸测序的方法。PPSQ-51A/53A梯度系统测序简便、可靠，是蛋白质分析不可缺少的工具。