以大肠杆菌和酵母为首的微生物被广泛应用于食品、生化、能源等各种产业领域进行大量有用物质的生产。例如在食品领域中，以酒类和发酵食品为对象，微生物的发酵工艺得到了广泛运用，并以效率更佳的发酵生产以及附加价值较高的代谢产物生产为目标而进行着微生物育种。像这样，以提高有用物质生产效率或提高高附加价值化合物的产能为目的的微生物发酵育种，需要通过代谢组学来进行代谢变化的监控。在监控代谢变化时，不仅要了解目标物质，还必须了解包含其前体、中间体在内的代谢变化，因此能同时分析大量化合物的代谢组学方法极其有效，备受期待。此外，本文在通过代谢组学来评价代谢变化的同时，还与以磷脂为对象的脂质组学的结果相结合，尝试了通过复合组学方法来研究代谢变化。在此，我将以能高效生产含硫代谢产物—麦角硫因的大肠杆菌作为样品，对在合成基质的半胱氨酸时使用的硫源中添加了硫代硫酸盐或硫酸盐时，通过代谢组学和脂类组学的方法来评价有关含硫代谢产物依赖于培养过程的变化实例进行介绍。