核酸类药物（如反义寡核苷酸）通过与细胞内外的靶标（基因和蛋白质）相互作用而发挥功效。核酸药物通过化学合成生产，但合成工艺会引入杂质，如较短和较长长度的产物和保护基团。因此，需要适当分离靶寡核苷酸。
对于LC分离，一种常用的模式是反相离子对色谱（RP-IP）。根据离子对试剂的浓度和有机溶剂的组成，RP-IP色谱分析获得的分离效果模式可能会有所不同。此外，根据产物的长度、核酸碱基和修饰的存在，分离行为会有所不同。因此，必须要优化每个寡核苷酸序列的分离。本文介绍了如何利用LabSolutions MD（一款支持方法开发的专用软件)分别在初始筛选和优化阶段高效实现寡核苷酸和相关杂质的最佳分离。