超高效液相色谱三重四极杆质谱法和Skyline软件联用在靶向蛋白组学上的应用——MSQC中6种蛋白液质分析定量方法开发

本文使用岛津超高效液相色谱仪LC-30A和三重四极杆质谱仪LCMS-8050与Skyline软件联用初步建立6种蛋白定量分析方法。通过Skyline软件完成MRM通道的设计和方法的输出，LabSolutions基于Skyline导出的MRM分析方法，进行肽段筛选、碰撞能量优化，最终确认蛋白的特征肽段及其对应的MRM离子对。基于以上所建立的方法，本文完成MS QC 混合物中6种蛋白线性关系的考察，以多肽轻链作为线性考察对象，浓度范围分别为Carbonic Anhydrase I (P00915) 0.2~100 fmol/μL、Carbonic Anhydrase II (P00918) 0.2~100 fmol/μL、NAD(P)H dehydrogenase (P15559) 0.4~40 fmol/μL、C-reactive Protein (P02741) 0.2~40 fmol/μL、Peptidyl-Prolyl cis-trans isomerase A (P62937) 0.04~8 fmol/μL、Catalase (P04040) 0.04~8 fmol/μL。