本文建立了一种使用岛津的LCMS-IT-TOF进行从血清代谢指纹中筛选潜在标志物的方法，该方法系统地描述了从数据采集、数据集预处理、模式识别到潜在标志物筛选的过程。利用LCMS-IT-TOF进行数据采集，结合Profiling solution代谢组学软件处理数据，然后导入统计分析软件建立OPLS模型，来表明急性肠炎大鼠与健康大鼠的代谢存在明显差异，经过模型识别、多级质谱结构鉴定以及代谢组学库比对等，确认8种化合物为潜在标志物。

本文建立了使用2D-LC-IT-TOF杂质鉴定系统定性检测阿托伐他汀药物中4个已知杂质（阿托伐他汀杂质A、阿托伐他汀杂质F、阿托伐他汀杂质G以及阿托伐他汀杂质H）和1个未知杂质（阿托伐他汀脱氢酸）的方法。该方法使用非挥发性的柠檬酸酸缓冲盐作为流动相对药物主成分和杂质进行了分离，并通过LCMS-IT-TOF在线对目标杂质进行MS定性分析。该系统由于无需将非挥发性缓冲盐转换为挥发性缓冲盐，因此，可以将药典的方法直接使用，大大节省了方法开发人员的时间，并且保证了杂质定性的准确度。

本文建立了使用2D-LC-IT-TOF杂质鉴定系统定性检测磺胺间二甲氧嘧啶中4个杂质（磺胺甲基嘧啶、磺胺二甲基嘧啶、磺胺间甲氧嘧啶和磺胺喹噁啉）的方法。该方法使用非挥发性的磷酸缓冲盐对药物主成分和杂质进行了分离，并通过二维LCMS系统对目标杂质进行MS定性分析。该系统由于无需将非挥发性缓冲盐转换为挥发性缓冲盐，大大节省了方法开发人员的时间，并且保证了定性的准确度。

建立51种农药的分离方法及质谱检测方法。使用离子阱飞行时间质谱对葱中51种农药进行定量分析，考察其线性范围、灵敏度和质量测量准确度。检测实际样品，对其中阳性成分进行多级质谱分析，与标准品多级质谱图比较，进行最终确认。

本文使用离子阱飞行时间串联质谱（LCMS-IT-TOF）快速检测了禽肉中的非法添加物罗丹明B。对加标样品进行了液质联用多级质谱分析，分别进行了MS1和MS3两种模式下的分子式预测，结果表明MS3模式下分子式预测能减少候选化合物数量，增加预测结果准确性。推测出了罗丹明B可能的五级质谱裂解规律。对加标样品和实际样品分别进行了MS4分析，两者谱图一致，表明实际样品中存在罗丹明B。

本文使用岛津超快速液相色谱仪UFLCXR和离子阱-飞行时间串联质谱仪LCMS-IT-TOF联用定性检测葡萄酒中农药多菌灵、甲基托布津和甲霜灵。对农药多菌灵、甲基托布津和甲霜灵进行多级质谱分析，使用分子式预测软件对目标离子进行了预测，并推导可能的质谱裂解规律。通过多菌灵、甲基托布津和甲霜灵标准样品和葡萄酒样品测得农药的多级质谱结果分析比较，可以准确地判定被检测的葡萄酒样品中是否含上述农药添加。

使用LCMS-IT-TOF对食品中的未知添加色素进行分析，根据其多级质谱数据进行结构分析，确定添加的未知色素为一种偶氮类染料。

花色苷是在植物中广泛分布的类黄酮类物质，具有抗氧化等保健功能。使用LCMS-IT-TOF对蓝莓中的花色素以及花色苷成分进行分离检测，共推测得到12个花色苷类物质。

建立27种三唑类农药的分离方法， 使用离子阱飞行时间质谱建立获得其多级质谱数据，对其裂解规律进行研究，建立其液相色谱-离子阱-飞行时间质谱数据库。使用离子阱飞行时间质谱对27种唑类农药进行定量分析，考察其线性范围、灵敏度和质量测量准确度。 选择大蒜样品作为基质，考察了离子阱飞行时间质谱对不同残留浓度水平下目标物筛查分析的灵敏度和准确度（质量测量准确度）以及影响因素，为建立农药筛查方法提供参考

多烯磷脂酰胆碱药品商品名为易善复，多为针剂或胶囊制剂，是辅助治疗肝损伤的特效药物。天然多烯磷脂酰胆碱成分复杂，含有大量的不饱和脂肪脂，主要为亚油酸、亚麻酸和油酸磷脂甘油脂。多烯磷脂酰胆碱主成分的结构鉴定对药物生产工艺监控有着重要的意义。本文分离了两个主要的目标组分，通过LCMS-IT-TOF获得目标杂质的多级质谱数据，根据碎片信息对目标杂质结构进行推测，为药品质量控制及工艺优化提供可靠的依据。